黄超兰
基于精准的新连接肽段半从头测序的新蛋白质变体发现
报告人:黄超兰
所在单位:中国医学科学院北京协和医院
个人简介：
黄超兰，北京协和医院长聘教授，疑难重症及罕见病国家重点实验室执行副主任。长期致力于质谱和蛋白质组学前沿新技术方法开发，坚持“从临床来到临床去”的研究策略开发疾病标志物、解析疾病机制，打造“前沿组学技术开发、多组学数据整合分析、生物标志物/原创药靶鉴定”的全链条闭环研究模式。在国际高水平期刊发表100余篇文章，总引超过6000次。另有多个管线项目成功进行临床转化，并获得多项专利授权。2014年入选中科院“引进杰出技术人才”计划，2020年所负责的研究项目成功入选“中国生命科学十大进展”和中国医学科学院“重要医学进展”，2021年获得拜尔学者奖和北京大学“第十一届实验技术成果奖”。
摘要：
mRNA前体的可变剪接使得少量人类基因可编码产生大量蛋白质变体。然而，这其中有多少具有重要功能，以及还有多少未知蛋白质变体尚不清楚。由被内含子分隔开的新的和已注释的外显子共同编码的肽段，叫做新连接肽段，它是在蛋白质水平鉴定新蛋白质变体的关键。从头测序是不依赖于转录组数据，直接从质谱数据中鉴定新连接肽段的有力手段。然而，精准肽段从头测序仍具有挑战性。另外，从头测序结果往往部分氨基酸正确部分氨基酸错误，也很难用于推断其在基因组上的形成机制。本研究开发了一种专门针对新连接肽段鉴定的半从头测序算法SpliceNovo，发现并验证了系列新蛋白质变体。这是目前蛋白质组学领域内，唯一一项专门针对新蛋白质变体发现的肽段从头测序的研究，该研究显著增强了通过从头测序发现新蛋白质变体的能力。
关键词：可变剪接，新蛋白质变体，新连接肽段，质谱，从头测序
